.NET tillhandahåller en delmängd av sina klasser till Windows Store apps (WinRT). Denna delmängd kallas .NET for Windows Store apps. Klasser som ej följt med är bland annat sådana som inte är meningsfulla för Windows Store apps; finns redan i WinRT eller är förlegade.

Vanligtvis kommer man inte att märka om man använder .NET-klasser eller klasser ifrån WinRT. Man kan se skillnad på dem genom att se vad klassens namnrymd börjar med. Om namnrymden börjar med System är det en .NET-klass och börjar den med Windows är det en WinRT klass.

Referensen till .NET for Windows Store apps vill automatiskt läggas till när man skapar ett nytt projekt för Windows Store apps.